保密文件销毁主要包括以下步骤和方法：

1. 分类与标记：首先，需要对文件进行分类，确定哪些文件需要销毁。对于需要销毁的文件，应进行标记，以防止误操作。

2. 销毁前的处理：对于电子文件，可能需要进行数据擦除或加密销毁；对于纸质文件，可能需要进行切割或粉碎。

3. 销毁：对于纸质文件，可以采用物理销毁，如粉碎、切割、燃烧等；对于电子文件，可以采用物理销毁，如硬盘粉碎，或者数据销毁，如数据擦除、加密销毁等。

4. 销毁后的处理：销毁后的废物应进行适当的处理，如回收、焚烧等，以减少对环境的影响。

5. 保密文件销毁需要遵循严格的安全规定，确保销毁过程的彻底性和安全性。销毁过程通常需要在监控下进行，以防止信息泄露。同时，销毁后的废物处理也应遵循环保法规，减少对环境的影响。